O NUPEA funciona como espaço de pesquisas científicas para orientação de alunos de graduação, pós-graduação e estágios supervisionados em áreas afins, além de prestação de serviços à comunidade. Também desenvolve atividades integradas de extensão; promove, executa e divulga projetos de pesquisa e extensão na área de alimentos e água; capta recursos para a realização das atividades de pesquisa e extensão; utiliza seus resultados em aplicações de utilidade e interesse da comunidade; fomenta a produção do conhecimento e de tecnologias nas áreas de alimentos, água e de tratamento de resíduos agroindustriais; estabelece parcerias com outras instituições, núcleos e grupos de pesquisas; desenvolve competências na área de alimentos e disponibiliza serviços de apoio científico e tecnológico às empresas, ao governo e à comunidade em geral; contribui, através de suas competências, no desenvolvimento, melhoria, inovação e qualificação de processos e produtos alimentícios e emite pareceres técnicos em conformidade com a legislação vigente; presta serviços à comunidade, às empresas e outros estabelecimentos, análises físico-químicas e microbiológicas em alimentos e água e outros serviços especializados, por meio de contrapartida financeira; também promove a formação, capacitação de recursos humanos e a difusão de conhecimentos nas áreas de alimentos, água e tratamento de resíduos agroindustriais.